La tipizzazione molecolare consente di andare oltre la conta e l'identificazione di specie e sierogruppo, distinguendo ceppi all'interno di uno stesso sierogruppo. Le tecniche più usate sono il Sequence Based Typing (SBT), basato su sequenziamento di geni di mantenimento, e i metodi di pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), oggi affiancati dal sequenziamento del genoma intero (WGS).
È uno strumento centrale nelle indagini epidemiologiche: confrontare il ceppo isolato dal paziente con quelli reperiti in diversi punti dell'impianto consente di identificare con buona probabilità la sorgente di contagio, escludere o confermare cluster, valutare l'efficacia di bonifiche.
È un'analisi di secondo livello, eseguita da laboratori di riferimento (es. Istituto Superiore di Sanità), non parte della routine di autocontrollo.
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