La tipizzazione molecolare consente di andare oltre la conta e l'identificazione di specie e sierogruppo, distinguendo ceppi all'interno di uno stesso sierogruppo. Le tecniche più usate sono il Sequence Based Typing (SBT), basato su sequenziamento di geni di mantenimento, e i metodi di pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), oggi affiancati dal sequenziamento del genoma intero (WGS).
È uno strumento centrale nelle indagini epidemiologiche: confrontare il ceppo isolato dal paziente con quelli reperiti in diversi punti dell'impianto consente di identificare con buona probabilità la sorgente di contagio, escludere o confermare cluster, valutare l'efficacia di bonifiche.
È un'analisi di secondo livello, eseguita da laboratori di riferimento (es. Istituto Superiore di Sanità), non parte della routine di autocontrollo.
TIPIZZAZIONE MOLECOLARE NELLA GESTIONE DELL'IMPIANTO
Il titolare di una struttura incontra la tipizzazione quasi sempre dopo una notifica di caso: l'autorità sanitaria preleva campioni ambientali e il laboratorio di riferimento confronta gli isolati con quello del paziente. Da quel confronto può dipendere molto, perché un profilo coincidente indica la probabile sorgente, mentre ceppi diversi orientano l'indagine altrove. Per prepararsi conta conservare referti, ceppi o almeno i dati dei laboratori che hanno eseguito i controlli in autocontrollo, così da poter ricostruire la storia della colonizzazione. Succede, nelle indagini su casi associati a un soggiorno, che il sierogruppo trovato nelle docce dell'albergo coincida con quello clinico ma la tipizzazione riveli due ceppi diversi: l'attenzione si sposta allora su altre esposizioni del paziente.
Errori ed equivoci frequenti
- Credere che stesso sierogruppo significhi stessa fonte: il sierogruppo 1 è diffusissimo nelle reti idriche, e solo la tipizzazione distingue ceppi diversi al suo interno.
- Chiedere la tipizzazione al laboratorio privato come analisi di routine, quando è un'indagine di secondo livello svolta di solito dai laboratori di riferimento su richiesta dell'autorità sanitaria.
FAQ: TIPIZZAZIONE MOLECOLARE
- A cosa serve la tipizzazione molecolare della legionella?
- Serve a capire se il batterio isolato da un paziente e quello trovato in un impianto appartengono allo stesso ceppo. Se i profili genetici coincidono, l'impianto diventa la sorgente più probabile dell'infezione; se differiscono, quella fonte viene ridimensionata. È uno strumento delle indagini epidemiologiche e dei cluster, utile anche per capire se una ricolonizzazione dopo bonifica deriva dal ceppo originario.
- Che differenza c'è tra sierogruppo e Sequence Based Typing?
- Il sierogruppo classifica la legionella in base agli antigeni di superficie riconosciuti da anticorpi, ed è un'informazione relativamente grossolana. Il Sequence Based Typing legge invece la sequenza di alcuni geni e assegna un profilo numerico detto sequence type, che permette di distinguere ceppi diversi all'interno dello stesso sierogruppo e confrontarli con banche dati internazionali.
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