La clorazione consiste nell'introdurre nell'acqua composti del cloro (ipoclorito di sodio, biossido di cloro, monoclorammina) per abbattere la carica microbica. In regime continuo le concentrazioni residue tipiche sono 0,2-0,5 mg/L di cloro libero per l'acqua potabile, valori che possono essere insufficienti contro la legionella protetta nel biofilm.
Il biossido di cloro è più efficace contro il biofilm rispetto all'ipoclorito e meno influenzato dal pH, ma richiede generatori dedicati e controlli sui sottoprodotti (cloriti, clorati). La monoclorammina ha persistenza maggiore in reti estese ed è utilizzata negli ospedali.
La clorazione di routine non sostituisce la corretta progettazione idraulica e la gestione delle temperature, ma le integra. In caso di bonifica si ricorre all'iperclorazione, con concentrazioni temporanee molto più elevate.
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